Ayatullah Syeikh Ja’far Subhani lahir pada tanggal 28 Syawal tahun 1347 H. di kota Tabriz. Keluarga beliau terkenal sebagai keluarga alim ulama yang terpandang. Ayah beliau, Almarhum Ayatullah Syeikh Muhammad Husein Subhani Khiyabani adalah salah seorang ulama dan fuqaha Tabriz yang terkenal dengan ketakwaan dan kezuhudan.
Setelah menyelesaikan pendidikannya di Sekolah Dasar, beliau masuk ke sekolah agama tradisional di bawah pengawasan Almarhum Mirza Mahmud Fadhil, putra Fadhil Muraghi, salah seorang murid Syeikh Anshari. Di sekolah agama yang lazim disebut dengan “Maktab” ini, beliau belajar sastra Persia. Di antara buku-buku yang beliau pelajari di “Maktab” ini adalah Gholestan, Bustan, Tarikh-e Mu’jam, Nishabus Shibyan, Abwabul Jinan dan yang lainnya.
Setelah menginjak usia empat belas tahun, pada tahun 1361 H., Subhani muda masuk ke Madrasah Ilmiah Thalibiyah kota Tabriz untuk menimba dasar-dasar ilmu agama Islam sampai ke tingkat Suthuh.
Ilmu tata bahasa Arab beliau timba dari guru-guru besar seperti Syeikh Hasan Nahwi dan Syeikh Ali Akbar Nahwi. Sebagian dari kitab Muthawwal, Mantiq-e Manzhumah dan Lum’ah beliau pelajari di bawah bimbingan Allamah Mirza Muhammad Ali Mudarris Khiyabani (wafat tahun 1373 H.), penulis kitab Raihanatul Adab. Lima tahun lamanya beliau mempelajari kitab-kitab tersebut.
Kegiatan tulis-menulis beliau mulai sejak usia tujuh belas tahun. Dua kitab pertama yang beliau tulis pada masa itu yang hingga kini masih bisa kita temukan adalah Mi’yarul Fikr yang membahas tentang ilmu logika dan Muhadzdzabul Balaghah mengenai ilmu Ma’ani, Bayan dan Badi’.
Subhani muda masuk ke Hauzah Ilmiah Qom pada tahun 1367 H. dan melanjutkan pendidikan tingkat suthuh hauzah di sana. Bagian akhir dari kitab Fara`idul Ushul beliau baca di bawah bimbingan Ayatullah Mirza Muhammad Mujtahidi Tabrizi (1327-1379 H.) dan Ayatullah Mirza Ahmad Kafi (1318-1412 H.). Kitab Kifayatul Ushul beliau pelajari di bawah asuhan Ayatullah Al-Uzhma Gulpaiqani (wafat tahun 1414 H.).
Setelah menyelesaikan pendidikan tingkat Suthuh pada tahun 1369 H., beliau masuk ke jenjang Bahtsul Kharij ilmu fiqih dan ushul. Pada jenjang ini beliau berguru pada ulama-ulama besar seperti:
1. Ayatullah Al-Uzhma Burujerdi (1292-1380 H.) bab waktu shalat.
2. Ayatullah Sayid Muhammad Hujjat Kuhkamari (1301-1372 H.) bab Bai’.
3. Ayatullah Al-Uzhma Imam Khomeini (1320-1409 H.) bab Istishhab dalan bidang ushul fiqih.
Syeikh Subhani dengan tekun mengikuti pelajaran yang diberikan oleh Imam Khomeini r.a. sampai beliau untuk pertama kalinya menyelesaikan satu paket penuh ilmu ushul fiqih tingkat tinggi. Seluruh pelajaran yang diberikan oleh Imam Khomeini beliau tulis dan bukukan. Pekerjaan ini beliau selesaikan dalam tempo tujuh tahun untuk selanjutnya dicetak dan diterbitkan.
Selain mempelajari ilmu fiqih dan ushul, beliau juga mendalami ilmu filsafat dan teologi di kota Tabriz di bawah bimbingan Ayatullah Sayid Muhammad Badkubei (wafat tahun 1390 H.) dengan membaca kitab Syarah Qawaidul ‘Aqa`id karangan Allamah Hilli.
Di Hauzah Ilmiah Qom, beliau melanjutkan kajian filsafatnya dengan menghadiri pelajaran logika dan filsafat Ayatullah Allamah Sayid Muhammad Husain Thabathaba`i (wafat tahun 1402 H.). Dan pada tahun 1949-1951, beliau mempelajari kitab Syarah Manzhumah dan sebagian besar kitab Asfar karangan Mulla Sadra di bawah bimbingan guru besar filsafat itu.
Syeikh Subhani mulai mengajar dasar-dasar ilmu agama Islam semenjak masih belajar (tahun 1362 H.). Kegiatan mengajar ini berlanjut saat beliau datang ke kota Qom dan tidak berapa lama kemudian beliau mulai mengajar di tingkat Suthuh.
Beliau telah mengajar kitab Muthawwal selama tujuh tahun, beberapa kali kitab Ma’alim dan Lum’ah secara sempurna, tujuh kali kitab Faraid karya Syeikh Anshari (selama 21 tahun), beberapa kali kitab Makasib dan Kifayah, dan lima kali kitab Syarah Manzhumah.
Pada tahun 1394 H., beliau mulai mengajar ilmu fiqih dan ushul untuk jenjang bahtsul kharij yang berlanjut hingga hari ini.
Selain mengajar ilmu fiqih, ushul dan filsafat secara rutin, beliau juga mengadakan kajian-kajian mengenai teologi, ilmu Rijal, Dirayah, sejarah Islam dan Syi’ah, Milal wa Nihal, tafsir, dan sastra Arab yang menghasilkan banyak karya tulis yang berharga bagi dunia Islam.
Ayatullah Syeikh Ja’far Subhani termasuk salah seorang pencetus berdirinya majalah Maktab-e Islam. Sejak pertama kali diterbitkannya majalah ini, Syeikh Ja’far Subhani meluangkan waktunya untuk memberikan jawaban atas pertanyaan-pertanyaan yang menyangkut masalah agama yang diajukan oleh para pembacanya dari kalangan remaja dan mahasiswa dalam kolom khusus yang disediakan untuk ini.
Beliau mendirikan sebuah yayasan yang diberi nama Muasseseh-e Ta’limati-Tahqiqati-e Imam Ja’far Shadiq a.s. dengan tujuan membangun sebuah perpustakaan khusus bagi para peneliti dan pengkaji ilmu-ilmu Islam. Aktifitas asli dari yayasan ini lama-kelamaan bertambah dengan banyak kegiatan lainnya. Antara lain, dibukanya pusat studi teologi Islam yang dibimbing langsung oleh beliau.
Selain itu, beliau juga merupakan perintis majalah ilmiah Teologi Islam yang merupakan salah satu kegiatan ilmiah besar di dunia majalah.